Chimie

Conception de médicaments : principes de base

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Bases de données de structures 3D

La recherche de bases de données de structures 3D basées sur la quantification de la similarité moléculaire est une méthode puissante et rapide pour identifier de nouvelles structures de plomb. Demandes(anglais requêtes) à la base de données peuvent être soit de simples mesures de distance entre atomes, le modèle d'un pharmacophore ou la description quantitative d'interactions stériques et électrostatiques complexes dans la poche de liaison d'une cible. Les recherches dans les bases de données sont principalement utilisées lorsque denovo-Design, utilisé dans l'amarrage, la construction et la liaison.

Une partie de la recherche se déroule dans des bases de données librement accessibles, commerciales ou internes, qui contiennent souvent plusieurs 100 000 molécules. La plupart de ces bases de données contiennent des données structurelles purement bidimensionnelles dans une véritable jungle de formats de données différents. Récemment, cependant, les SMILES (spécification d'entrée de ligne d'entrée moléculaire simplifiée) Format largement établi comme format d'échange. Des exemples de bases de données librement accessibles sont la base de données ouverte du National Cancer Institute (NCI Open Database) pour laquelle il existe un excellent navigateur ICI et ASINEX d'ASINEX Ltd .. Les bases de données commerciales importantes incluent la base de données AvailableChemicals Directory-Screening Compounds (ACD-SC) et le MDL Drug Data Report-3D (MDDR-3D) de MDL Information Systems, et SPRESI d'InfoChem, Gesellschaft fürchemische Information mbH. Pour la recherche, les données structurelles 2D des molécules doivent d'abord être converties en données 3D. Plusieurs conformations d'une molécule sont presque toujours possibles et énergétiquement favorisées. Un programme de conversion puissant tel que Rubicon de Daylight CIS, Inc. calcule donc plusieurs conformères 3D à partir d'un ensemble de données structurelles 2D. Cela se fait à l'aide d'une matrice de distance obtenue expérimentalement ou empiriquement. Par exemple, une base de données contenant 100 000 molécules peut facilement être convertie en une base de données 3D qui contient 10 à 20 fois le nombre de conformères.

Exemple de recherche de fragments dans la base de données ouverte NCI avec le navigateur de base de données NCI amélioré. Un double-clic sur les petites images ouvre un agrandissement dans une nouvelle fenêtre.

Des logiciels ou des applications Internet bien connus pour la conversion 2D-3D sont par exemple CONCORD de Tripos Inc., Rubicon de Daylight CIS, Inc. et CORINA (COoRdINAtes) du groupe du professeur Gasteiger à Erlangen, qui est gratuit jusqu'à 1000 conversions. Les outils de gestion de base de données et de recherche sont par exemple ISIS / Base et ISIS / 3D de MDL Information Systems, Catalyst d'Accelrys Inc., Sybyl-3DB de Tripos Inc. et ChemFinder de CambridgeSoft Corporation.

De nombreuses applications logicielles qui utilisent le de novo-La conception est utilisée, prend en charge la recherche de structure directe dans des bases de données 3D locales ou intra-basées sur Internet. À cette fin, par exemple, le programme d'amarrage DOCK utilise une géométrie de distance basée sur des règles (distancegéométrie) ainsi que les méthodes des champs de force (mécanique moléculaire).



Commentaires:

  1. Matchitisiw

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  3. Oswine

    Voyons voir...

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    Vous n'êtes pas correcte. Je propose d'en discuter. Écrivez-moi en MP, on s'en occupe.



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