Chimie

Modélisation moléculaire

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Modélisation par simulation informatique

La minimisation d'énergie calcule les conformations avec l'énergie potentielle minimale d'un système. Dans de nombreux cas, ces informations sont suffisantes pour pouvoir décrire suffisamment bien les propriétés du système, mais une quantification de la surface énergétique n'est pas possible pour les grosses molécules qui peuvent également être en solution aqueuse. De tels systèmes peuvent être mieux étudiés avec des simulations informatiques, qui simplifient le système à un point tel que les propriétés structurelles et thermodynamiques peuvent être établies avec une quantité raisonnable de calculs et avec une précision suffisante. Des simulations informatiques sont également utilisées pour déterminer les structures des protéines à partir de données cristallographiques aux rayons X et où les atomes ou les molécules changent au fil du temps (simulations de dynamique moléculaire).

Simulation informatique et analyse cristalline aux rayons X

Dans l'analyse structurale des cristaux de protéines, ceux-ci sont irradiés avec des rayons X de longueurs d'onde définies entre 1 et 2 Å. Les molécules disposées symétriquement dans le cristal diffusent les rayons X de manière cohérente, de sorte qu'un diagramme de diffraction des rayons d'intensité et de phase différentes est créé (ce diagramme de diffraction apparaît comme un arrangement de taches sur le film radiographique). Parce que les rayons X interagissent avec les électrons, le diagramme de diffraction permet de tirer des conclusions sur la distribution des électrons des molécules qui composent le cristal.

Des simulations informatiques traduisent ces cartes de densité électronique en un modèle structurel de la molécule. D'autres données telles que la séquence d'acides aminés ou la connaissance de la géométrie préférée des chaînes latérales d'acides aminés sont également incluses dans la modélisation 3D.


Vidéo: Introduction à la Dynamique Moléculaire - partie 1 (Juin 2022).


Commentaires:

  1. Bryson

    Hum... ça arrive même.

  2. Franklyn

    À mon avis, vous vous trompez. Entrez, nous discuterons. Écrivez-moi dans PM.

  3. Odakota

    Très bien.

  4. Kazraramar

    Nous attendons la continuation :)

  5. Griorgair

    Pour ma part, tu n'as pas raison. Je suis assuré. Je peux le prouver.

  6. Gorrie

    Cette idée est obsolète



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